Mã Thủ Ứng lấy trí thắng địch, thực hiện phép lưu động tác chiến một cách xuất sắc, chiến dịch Giáp Sơn là điển hình. Triều đình nhà Minh đánh giá ông là một tay "lắm mưu kế lừa lọc" [9] trong các thủ lĩnh nông dân. Mã Thủ Ứng nhận được sự tín nhiệm của thủ lĩnh các cánh quân khác, thường được đề cử làm "mưu chủ" [10].

Ông trung thành với lý tưởng của cuộc khởi nghĩa, năm Sùng Trinh thứ 9 (1636) từng giết tổng binh Vương Tiến Trung đến dụ hàng [10][11], bị đánh giá là "phản phúc xảo trá, giữ ác không chừa" [12].

Trong phong trào khởi nghĩa nông dân cuối đời Minh, Mã Thủ Ứng có uy tín cực lớn, chỉ xếp sau Lý Tự Thành, Trương Hiến Trung, ông cũng có mối quan hệ hữu hảo với cả hai nhân vật lớn này. Lý Tự Thành có thể nghi ngờ mà giết chết La Nhữ Tài, người cũng đã từng nhiều lần điều đình xung đột Lý – Trương, nhưng khi đánh lên Bắc Kinh vẫn tín nhiệm để lại hậu phương cho Mã Thủ Ứng.